Discovery Studio

discovery studio

Разработка новых медицинских препаратов – это сложнейший процесс поиска оптимальных решений. В ходе этого процесса ученым-исследователям необходимо постоянно улучшать биохимическую эффективность препарата, при этом одновременно оптимизируя показатели токсичности и ADME (Absorption, Distribution, Metabolism, and Excretion – всасывание, распределение, метаболизм и выведение). Программное обеспечение BIOVIA Discovery Studio, является наиболее совершенной масштабируемой средой для проведения совместных исследований и разработок в области медико-биологических наук, использующее зарекомендовавшие себя годами экспертных исследований эталонные прикладные технологии CHARMm, MODELER, ZDock, Delphi, Catalyst, DMol3, Vamp, TopKat, AggMap и Developability Index.

 

Описание BIOVIA Discovery Studio

Это полный комплекс проверенных научно-прикладных технологий, созданный на основе программы BIOVIA Pipeline Pilot. Данное программное обеспечение представляет собой уникальное сочетание открытых настраиваемых инструментов, разработанных и актуализированных под современные потребности проведения совместных исследований и разработок в области биологии и медицины.

  • Методы расчетов и анализа, учитывающие все стадии разработки препарата: от принятия решения о создании до момента описания клинического и терапевтического эффекта
  • Основные научные разработки, лежащие в основе Discovery Studio, подтверждаются исследованиями, проводившимися экспертами в течение 30 лет
  • Наряду с DS Visualizer, Discovery Studio предлагает доступную визуализацию и программную среду для совместных исследований
  • Каждая задача программы Discovery Studio является протоколом Pipeline Pilot, предоставляющим открытую среду для моделирования
  • Настраиваемая открытая теоретическая база
  • Масштабируемая архитектура
  • Возможность внедрения научной инновации
  • Встроенная интеграция со сторонними приложениями, в том числе с CCDC GOLD и NAMD
  • Discovery Studio наследует следующие компоненты Pipeline Pilot: Core, Integration, Reporting, Chemistry, Sequence Analysis, ADMET

Полная предиктивная научная модель

  • Методы моделирования, основанные на вычислительном ядре силового поля BIOVIA CHARMm® включая: одноточечный, минимизацию, моделирование процессов Молекулярной динамики и Расчеты термодинамического потенциала.
  • Полностью неэмпирический модуль Квантовой механики с DMol3, основанные на теории функционала плотности (DFT), полуэмпирический модуль VAMP и гибридный модуль КМ/MM (DMol3/ CHARMm).
  • MODELER – ведущий алгоритм гомологичного моделирования
  • Лучшие инструменты ионизации белка на основе водородного показателя (pH)
  • Уникальный метод расчета стабильности белка на основе водородного показателя и анализа аффинности связывания при мутации
  • Достоверное прогнозирование связи типа белок-белок при помощи ZDOCK
  • Наиболее полный набор инструментов прогнозирования структуры и моделирования для создания антител
  • Рабочие процессы автоматизированного прогнозирования структуры, специально разработанные для предоставления наиболее качественных гомологичных моделей
  • Уникальный запатентованный алгоритм агрегирования протеина AggMap и Developability Index
  • Быстрое определение последовательностей мотивов, соотнесенных с зонами посттрансляционной модификации в области биотерапии
  • Новейшее, основанное на физике (CHARMm CDOCKER) вычислительное ядро стыковки
  • Уникальный набор не связанных индикаторов расчетов, включающих в себя благоприятные, неблагоприятные и неудовлетворительные типы связей.
  • Инновационная, основанная на MMP концепция Activity Cliffs
    • Использование стандартных реакций в Медицинской химии для исчисления in situ используя ca10 тыс. реактивов, отобранных из BIOVIA ACD
    • Подход Scaffold hop in situ используя са. 5 млн. доступных для приобретения химических соединений из BIOVIA SCD
    • Новейшее вычислительное ядро стыковки фрагментов по методу MCSS Карплуса (Multiple Copy Simultaneous Search)
  • Ведущее на рынке вычислительное ядро CATALYST для фармакофоров
  • Включает в себя уникальное образование фармакофора: рицептор-лиганд
  • PharmaDB, самая полная и достоверная база профилей лигандов
  • QSAR: Вычисление химико-физических свойств и параметров топологии пептидных карт, а также создание PLS, GFA, MLR и проч.
  • Наиболее полный набор ADMET и моделей прогнозирования, включая ВВВ проницаемость, гипатоксичность, CYP2D6, AMES, Rat Oral LD50 и проч.
  • СNX, создает карты распределения электронной плотности, производится полная оптимизация и используется HT-X PIPE для запуска процесса автоматического выбора параметров структуры комплексов типа белок-лиганд.

Возможности BIOVIA Discovery Studio

BIOVIA Discovery Studio включает в себя универсальную программу моделирования молекулярной механики CHARMm.  Благодаря более чем 30-летним научным исследованиям, проведенным в рамках экспертной оценки, CHARMm был разработан с основным упором на изучение белков, пептидов, низкомолекулярных лигандов, нуклеиновых кислот, липидов и углеводов.

Для исследований на основе квантовой механики BIOVIA Discovery Studio включает программу DMol3.  DMol3 — это DFT-программа с многолетним опытом успешных коммерческих приложений.  Благодаря уникальному подходу к решению квантово-механических уравнений DMol3 долгое время был одним из самых быстрых методов, доступных для выполнения вычислений, преимущество, которое становится очевидным, особенно для более крупных систем с более чем 500 атомами.

Определение трехмерной структуры и свойств макромолекулы, такой как ферменты, антитела, ДНК или РНК, является фундаментальным компонентом для широкого спектра исследовательской деятельности.  Discovery Studio предоставляет обширный портфель ведущих на рынке, проверенных научных инструментов, способных помочь во всех аспектах исследований на основе макромолекул.

Discovery Studio предлагает наиболее полное решение для разработки и оптимизации антител.  Построить основу для моделирования антител, предсказать физические свойства антител и оптимизировать как pH, так и термостабильность, а также возможность разработки препаратов.

Структурный дизайн (SBD) и связанный с ним фрагментный дизайн (FBD) являются хорошо разработанными стратегиями в рациональной разработке низкомолекулярных лекарств.  Знание того, как малая молекула связывается с белком, дает значительные преимущества, как с точки зрения определения приоритетности соединений для раннего скрининга, так и с точки зрения оптимизации эффективности и селективности.  Discovery Studio предоставляет обширный, масштабируемый портфель научных инструментов, предназначенных для поддержки и поддержки стратегий SBD и FBD, начиная от обнаружения попаданий и заканчивая оптимизацией потенциальных возможностей на поздней стадии.

С помощью инструментов моделирования и анализа фармакофоров CATALYST можно быстро идентифицировать перспективные новые молекулярные объекты с данными или без них.

Понимание и количественная оценка взаимосвязей структура-активность могут существенно повлиять на оптимизацию потенциальных клиентов и разработку лекарств, сводя к минимуму утомительные и дорогостоящие эксперименты.

Доступ к таким инструментам, как CNX и XPROLIG, для определения атома, чтобы помочь в интерпретации сложных данных, полученных в результате рентгеновских экспериментов.  Помимо создания и уточнения структурных моделей белково-лигандных комплексов, Discovery Studio может создавать и визуализировать карты электронной плотности, а также выполнять задачи уточнения рентгеновской структуры и автоматически подгонять лиганды в доступную плотность.

Молекулярная визуализация является ключевым аспектом анализа и коммуникации исследований моделирования.  Это позволяет визуализировать механистическое понимание структуры молекулы, что позволяет делиться ключевыми знаниями между экспертами по вычислительному моделированию и сотрудниками совместной группы.

Академические лицензии

Academic Research Suite предоставляет те же функции, что и коммерческие продукты. Это мощный инструмент для современных исследований. Учащиеся с любой степенью, от бакалавров до магистров и аспирантов, а также научные сотрудники со степенью докторов могут анализировать и решать задачи реалистичного проектирования. Мощные настраиваемые вспомогательные процессы позволяют гибко моделировать и исследовать сложные материалы, создавать модели без ограничений по размеру и выполнять любые задачи моделирования благодаря параллельной обработке. Пакет Academic Research Suite можно использовать в научных или учебных целях.

Academic Teaching Suite также включает в себя функциональность, аналогичную коммерческим продуктам. Лицензия Teaching Suite позволяет работать с целым классом пользователей, а ее цена учитывает специфику бюджета образовательных учреждений. Пакет Academic Teaching Suite предназначен только для преподавания и проектной работы. Его нельзя использовать для фундаментальных исследований, например для защиты диссертаций.

Оставить заявку






Согласен на обработку персональных данных. Политика конфиденциальности

Контакты

АдресРоссия, г. Нижний Новгород, ул. Ларина, д. 7, корпус 1, помещение №1348
Общая почтаinfo@caecis.com
Телефон

Лицензия

Согласен на обработку персональных данных. Политика конфиденциальности

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: