Simulations

Моделирование молекулярной механики CHARMM

Биомолекулярные процессы основаны на разнообразных динамических взаимодействиях между белками, лигандами, растворителями и ионами. Часто особенности этих взаимодействий трудно уловить с помощью одних только физических экспериментов из-за коротких временных масштабов, в которых они происходят. Моделирование может помочь выяснить энергетику этих процессов, обеспечивая понимание их механизма действия и свойств.

Discovery Studio использует универсальную программу молекулярного моделирования CHARMm . Благодаря более чем 30-летнему рецензированию научных исследований, CHARMm нацелен на изучение биологических систем, таких как белки, пептиды, низкомолекулярные лиганды, нуклеиновые кислоты, липиды и углеводы.

  • CHARMM
    • Выполняйте явную минимизацию растворителей или неявную минимизацию на основе растворителей и моделирование молекулярной динамики (МД)
    • Поддержка графического процессора через DOMDEC и OpenMM
  • NAMD
    • Выполните явное моделирование МД растворителя
    • Сольватируйте белок с явной мембраной и запустите моделирование МД
  • DMol3 / CHARMm
    • Рассчитайте энергию в одной точке или выполните минимизацию комплексов рецептор-лиганд с помощью гибридного моделирования квантовой механики / молекулярной механики (КМ / ММ).
  • Поддержка широкого спектра силовых полей, включая CGenFF, charmm36, CHARMm и другие.
  • MATCH метод ввода лигандов с помощью charmm36
  • Полная поддержка механизма патчей CHARMM
  • Метод быстрой явной водной сольватации с дополнительными противоионами, подходящий для очень больших молекулярных систем
  • Сольватация трансмембранного белка в предварительно уравновешенный липидный бислой
  • Анализ траекторий МД
  • Выполняйте быстрые и точные прогнозы ионизации белка и остаточного pKs для приготовления белка
  • Используйте CDOCKER, механизм стыковки на основе CHARMm, чтобы выполнять гибкую стыковку и уточнение на основе лигандов
  • Оптимизация позы для нескольких лигандов в контексте рецептора
  • Рассчитайте энергии связи стыкованных поз
  • Точно спрогнозируйте относительную энергию связывания лиганда для ряда родственных лигандов, используя метод возмущения свободной энергии (FEP)
  • Рассчитайте относительную свободную энергию связывания для комбинаторной библиотеки лигандов, смоделированной с помощью Multi-Site Lambda Dynamics (MSLD)
  • Оцените свободную энергию связывания лиганда и изучите расщепление лиганда с помощью моделирования управляемой молекулярной динамики (SMD) на основе CHARMm
  • Изучите эффекты электростатического потенциала с помощью уравнения Пуассона-Больцмана (PB) CHARMm
Вопрос специалисту





      Запрос коммерческого предложения

      Согласен на обработку персональных данных. Политика конфиденциальности

      Сообщить об опечатке

      Текст, который будет отправлен нашим редакторам: