Structure-based Design

Строение молекул

Структурно-ориентированный дизайн (SBD) и связанный с ним фрагментный дизайн (FBD) – хорошо зарекомендовавшие себя стратегии рациональной разработки низкомолекулярных лекарственных средств. Знание того, как небольшая молекула связывается с белком, дает значительные преимущества как с точки зрения определения приоритетов соединений для раннего скрининга, так и с точки зрения оптимизации эффективности и селективности. Discovery Studio предоставляет обширный масштабируемый портфель научных инструментов, предназначенных для поддержки и поддержки стратегий SBD и FBD от обнаружения попаданий до оптимизации потенциальных клиентов на поздних этапах.

  • Анализировать и готовить 3D-структуры (например, PDB, рентгеновскую структуру, гомологическую модель) для SBD
  • Автоматически строить соседние молекулы на основе упаковки кристаллов и анализировать их взаимодействия
  • Прогнозировать состояние ионизации остатков при выбранном pH
  • Выявить и изучить предполагаемые сайты связывания лиганда
  • Подготовить лиганды с обширным набором характеристик и рассчитать трехмерные координаты
  • Сгенерировать конформации лиганда
  • Фильтровать лиганды на основе сходства с лекарством, молекулярных свойств или для удаления нежелательных групп или свойств
  • Идентификация и оптимизация попаданий
  • Выполните виртуальный скрининг лигандов и фрагментов, используя либо механизм фармакофоров CATALYST , либо подходы стыковки LibDock или CDOCKER.
  • Выполните стыковку с GOLD §
  • Оптимизация свинца на месте с использованием преобразований реакций классической медицинской химии и коммерчески доступных реагентов.
  • Скаффолд-прыжок или замена R-группы in situ с использованием молекулярных фрагментов, полученных из коммерчески доступных соединений
  • Рассчитайте энергии связи с помощью методов MM-PBSA или MM-GBSA CHARMm
  • Точно спрогнозируйте относительную энергию связывания лиганда для ряда родственных лигандов, используя метод возмущения свободной энергии (FEP)
  • Рассчитайте относительную свободную энергию связывания для комбинаторной библиотеки лигандов, смоделированной с помощью Multi-Site Lambda Dynamics (MSLD)
  • Выявление критических взаимодействующих остатков с помощью всеобъемлющего набора благоприятных, неблагоприятных и неудовлетворительных средств мониторинга, не связанных с облигациями.
  • Профилировать и определять приоритеты результатов скрининга, оптимизируя эффективность и целевую специфичность
  • Создавайте и оптимизируйте комбинаторные библиотеки в качестве новых отправных точек для дальнейшей проверки.
  • Объедините свои результаты с классическими дескрипторами QSAR , отпечатками пальцев и квантовой механикой и создайте продвинутые модели прогнозирования
  • Сведите к минимуму токсичность с помощью TOPKAT и оптимизируйте фармакокинетический профиль.
Вопрос специалисту





      Запрос коммерческого предложения

      Согласен на обработку персональных данных. Политика конфиденциальности

      Сообщить об опечатке

      Текст, который будет отправлен нашим редакторам: