Macromolecules

Строение макромолекул

Определение трехмерной структуры и свойств макромолекул, таких как ферменты и антитела, является фундаментальным компонентом широкого спектра исследовательской деятельности. Например, различные конформации, которые возникают в результате нормальной молекулярной динамики или взаимодействий с лигандами или другими белками, могут обнаруживать новые сайты связывания или давать ключи к разгадке их функции.

Хотя структуры тысяч молекул были определены экспериментально, получение структурных данных с высокой точностью остается нетривиальным процессом.

Моделирование может расширить физические эксперименты, давая представление о структуре макромолекул. Кроме того, такие методы, как моделирование гомологии, могут помочь предсказать структурные модели новых молекул, направляя терапевтический дизайн и усилия по разработке белков.
Discovery Studio предоставляет обширный портфель лидирующих на рынке проверенных научных инструментов, способных помочь во всех аспектах исследования на основе макромолекул.

  • Выполняйте поиск нескольких последовательностей с помощью BLAST и PSI-BLAST в локальных базах данных или базах данных NCBI.
  • Для многоцепочечных белков одновременно и независимо выполнять множественное выравнивание последовательностей каждой белковой цепи.
  • Предсказать трансмембранные спирали в последовательностях трансмембранных белков.
  • Прогнозирование сайтов, подверженных посттрансляционным модификациям (PTM), с помощью поиска мотивов на основе последовательностей
  • Анализировать и готовить структуры из репозиториев трехмерных структур (например, PDB)
  • Создавайте 3D-модели конструкций с помощью MODELER
  • Проверить качество модели конструкции
  • Используйте LOOPER для систематического поиска контуров петель и ранжирования с помощью CHARMm
  • Переносите конформации петли из структуры шаблона на целевую модель
  • Систематическая оптимизация боковых цепей аминокислот с помощью моделирования ChiRotor CHARMm
  • Используйте ZDOCK для выполнения стыковки белок-белок и изучения взаимодействий партнеров по связыванию
  • Изучите конформационную гибкость с помощью явного моделирования молекулярной динамики (MD) на основе растворителей с использованием CHARMm или NAMD   
  • Прогнозируйте электрические свойства белка, включая pH-зависимую стабильность и состояние протонирования, а также изоэлектрическую точку.
  • Проведите прогнозирование термической или pH-мутационной стабильности и сродства связывания
  • Определите потенциально стабильные места дисульфидных мостиков
  • Рассчитайте биофизические свойства, важные для белковой рецептуры, включая вязкость и растворимость
Вопрос специалисту





      Запрос коммерческого предложения

      Согласен на обработку персональных данных. Политика конфиденциальности

      Сообщить об опечатке

      Текст, который будет отправлен нашим редакторам: